1953年，为发展医疗卫生事业，北京市政府吴晗副市长批示：“为解决患者医疗问题，需要集中专门人才，发挥最大医疗效能，设四十张病床的耳鼻咽喉专科医院实属必要。”就此北京市耳鼻咽喉医院于1953年8月31日开诊，徐荫祥任院长。北京市耳鼻咽喉医院即为北京市耳鼻咽喉科研究所的前身。
1958年8月，北京市耳鼻咽喉医院在原研究室的基础上拓展成立北京市耳鼻咽喉科研究所(以下简称“耳研所”)，刘瑞华任第一任所长，徐荫祥任副所长。同年，北京市耳鼻咽喉医院与北京同仁医院合并，原来的临床部分成为北京同仁医院耳鼻咽喉科的主体(以下简称“耳鼻咽喉科”)，徐荫祥任北京同仁医院副院长。
学科建设的载体是科学研究，历经60年的累积与历练，一代代耳研所人继承、坚守、耕耘、奉献，形成了学术自由，尊重知识，尊重人才的良好氛围，在自由探索和学科交叉中不断产生新思想，形成新理论，不断推动学科的发展。经过近20年的飞速发展，学科展翅腾飞，迎来黄金期。成立北京市耳鼻咽喉头颈外科研究中心，成为国家重点学科(2002年)和教育部重点实验室(2007年)，创办了国家生命科学与技术人才培养基地(2003年)，为学科培养了大批高质量优秀人才。，创办国家生命科学与技术人才培养基地，成立北京市教委耳鼻咽喉头颈科学生物工程研究中心和鼻病研究北京市重点实验室。
耳研所业已成为，学科有重点，方向有特色，人才有专长的体系完整、布局合理、人才优化的专业科研带头机构。近10年获得国家科技成果二等奖3项，共承担国家级科研项目68项，省部级项目111项，包括科技部攻关计划项目、国家高技术研究发展863计划、国家科技支撑计划项目、973前期基础研究专项、973重大项目课题、国家自然科学基金等代表国家级高水平的科研项目。学科队伍高端人才涌现，包括教育部长江学者特聘教授、国家杰出青年，目前拥有教授15人、副教授14人;博士研究生导师9人、硕士研究生导师16人。历年培养博士后20人，博士研究生103人，硕士研究生242人。与美国和欧洲多所世界一流高校、科研机构积极开展针对性强的项目合作及人才培养，促进了耳研所在多个研究领域的快速发展和科技人才储备。