亦庄院区眼科是北京同仁医院的特色科室和重点专业之一。科室设有青光眼、白内障及屈光手术专业组，已发展成为融医、教、研为一体的眼科基地，在成人及儿童青光眼疾病、白内障及高度近视屈光手术领域居于国内领先水平。科室坚持“苦练内功，精于内涵，追求卓越，超越自我”的院训，秉承“精、诚、勤、和”的同仁精神，团结奋斗，积极进取，精益求精，为来自全国，特别是京津城市轴地区的疑难眼病患者服务。
目前亦庄院区眼科开设有眼科综合门诊、专科门诊、晚间门诊，满足患者对医疗的多层次需求。
青光眼专业组建立了成熟的青光眼筛查、诊断、治疗及随访体系。可开展24小时眼压测量、各项激光治疗、青光眼白内障手术、新型青光眼微创手术等，具备各类型复杂性、难治性青光眼的治疗经验。青光眼专科学科带头人李树宁教授为国内著名青光眼专家，从事眼科专业20余年，曾获得北京市科技新星、北京市高层次公共卫生人才(学科带头人)，承担国家自然科学基金4项。学术任职：中华医学会眼科分会青光眼学组秘书，中国医疗保健国际交流促进会眼科分会委员，中国医药教育学会眼科专业委员会委员，中国非公立医疗机构协会眼科专业委员会青光眼分委会委员;北京围手术期医学研究会眼科专业委员会副主任委员兼秘书长，北京医师协会眼科专科医师分会青光眼分委会委员;担任《国际眼科纵览》编委。参与编写或编译的著作有《Shields‘青光眼教科学》、《房角关闭及闭角型青光眼》、《眼健康大百科》等。
白内障及屈光手术专业组由时任同仁医院眼科副主任、国内著名白内障专家王军教授创立，致力于为白内障及高度近视患者提供个性化治疗手术方案、提高患者生活质量，可开展超声乳化白内障摘除联合人工晶体植入术、有晶体眼人工晶体植入(ICL)手术等，白内障年手术量超1.4万台，有晶体眼人工晶体植入(ICL)手术量超500台。此外，白内障及屈光手术专业组在处理全身或眼部情况复杂的白内障患者方面积累了大量经验，大量开展青光眼合并白内障、葡萄膜炎并发白内障、抗青光眼术后白内障、玻璃体切割术后白内障、先天性白内障、外伤性白内障、晶状体半脱位等的手术治疗。白内障及屈光手术学科带头人万修华教授为国内著名白内障及屈光手术专家，从事眼科专业31年，为北京市“科技新星”“扬帆计划”获得者、国家自然科学基金委评审专家、教育部学位中心评审专家、《中华眼科医学杂志(电子版)》《眼科》《国际眼科纵览》等杂志编委。白内障、有晶体眼人工晶体植入(ICL)手术20余万例，发表论文200篇，第一/通讯作者160篇，SCI论文60篇，主编、副主编及参编10余部眼科学术专著，以第一申请人承担“国家自然科学基金”面上项目2项及其它课题10余项，以第一申请人获得国家专利6项。
亦庄院区眼科锐意发展，凝心聚力，不断追求卓越，将持续为常见和疑难罕见眼病患者提供高质量的诊疗服务，为中国眼健康事业努力奋斗。