北京同仁医院感染科作为北京市经开区唯一一家三甲医院的感染专业科室，在传染性疾病防控及感染性疾病诊疗中发挥重要作用。先后在新冠、流感等多轮传染病爆发及疫情防控中表现出色，并在伴发热和/或腹泻症状的多系统疾病诊疗过程中积累了丰富的经验。
感染科拥有独立的门诊和病房设施，全天24h接诊患者，并完成急危重症患者的救治工作；科室以伴发热和/或腹泻症状患者的诊疗及传染病筛查为基本任务，同时承担社区传染性疾病的日常监测工作。2023年接诊患者量逾4万人次，并已开设互联网诊疗。科室承担住院医师规范化培训以及医防融合培训工作，持续秉承规范、严谨、细致的教学原则。设有科室信息化平台，积极制作多种疾病的科普视频，推进专业疾病的科普与健康宣传工作，得到社会公众及患者的好评。
感染科目前共有医生9名，其中博士3人，硕士4人，研究生导师1人。科室多人获得市级、院级人才项目基金资助。科室原学科带头人钱冬梅主任为消化专业知名专家，擅长消化道疾病诊疗及消化内镜诊察。现科室主任由呼吸系病专业金建敏主任医师担任，其在2020年初新冠疫情爆发期间担任北京同仁医院援鄂医疗队队长，带队承担武汉重症/危重症新冠感染患者的救治工作，获得“抗击新冠肺炎疫情全国三八红旗手”称号，并被评为“北京市抗击新冠肺炎疫情先进个人”和“北京优秀医师”。
在学科带头人的率领下，科室全体人员紧密团结、积极向上，每周坚持集体业务学习，随时疑难病例讨论，在医疗服务水平不断提升的同时，临床研究和教学工作不断前进，已在国内外专业期刊发表多篇论文，并作为副主编和编委参加《国家卫生健康委员会住院医师规范化培训规划教材配套精选习题集
内科分册》(人民卫生出版社)的编写工作。