1886年，清光绪十二年，美国基督教“卫理公会”的兰大夫、卫大夫在崇文门的孝顺胡同开办了一家眼科诊所，英文名 “美以美会医院”，中文名为“同仁医院”。

“同仁”取自《圣经》中“自由博爱，一视同仁”之意。

1903年，中楼竣工，医院举行了隆重的庆典活动。前来参加庆贺的有：美国公使康格饮差、清政府总理衙门代表大臣等，在当时社会上曾引起一阵不小的轰动。中楼的落成，大大改变了医院局面，不仅扩大眼科，而且还设立内科、外科、X光科、化验科等，虽然只有一座楼房，但已有了综合医院的雏形。

1914年，医院南楼建成。同年，西病房楼落成。医院的病房设在西楼，分为三层，有眼科、内科和外科病房，眼科约占1/2。

1917年，来自美国的明丹思大夫建立了耳鼻喉科，他还精通眼科，每周在两科分别出诊。明丹思大夫一直工作到1928年退休，才离开医院回国。

日寇悍然发动卢沟桥事变，全面抗日战争爆发。1942年，日伪北京特别市公署卫生局接收同仁医院全部资产，日伪北京市卫生局将同仁医院改为“市立第二医院”，贺庆院长被迫离职。医院被迫关闭疗养院和护士学校。日本人进入医院后，蛮横无理，胡作非为，经常用手枪吓唬中国人，甚至用中国人做实验。有一个患者因术中死亡，其家属欲与他们申辩，便死在他们的枪口下。

1945年11月14日，卫理公会会督江长川、美国代表白辅德致函北平卫生局，要求将医院收回管理。次年1月，卫理公会收回了医院，恢复使用同仁医院的名称，此时医院已成为一个烂摊子，百废待兴。医院眼科、内外科门诊、病房及西山疗养院相继恢复工作。一度停办的男护士学校也恢复招生。

1949年4月，在中共北京市委及市总工会的领导下，医院建立了工会。同年11月，建立了新民主主义青年团，这些组织的建立，极大推动了医院的民主改革。

1953年8月，北京市人民政府正式接管医院，更名为“北京市立同仁医院”。医院由此成为由共产党领导的社会主义新型医院。

1954年，医院外科不断发展。外科率先在北京市开展心脏外科及体外循环手术 。50年代初期，医院外科就建立了泌尿外科小组，在吴阶平教授的指导下，积极开展很多复杂的检查和手术。同仁医院的普外科被市卫生局确定为全北京市重点建设和发展的科室。

1956年2月，卫生部为了培养我国自己的神经外科医生，决定在同仁医院建立较大规模的神外病区，将北医的神经外科组迁至我院，设病床70余张。特聘苏联基辅市神经外科研究所所长阿鲁秋诺夫教授与我国脑外科先驱赵以诚教授共同担任这项工作。神经外科不仅开展手术，而且还培养了一批人才。享誉世界的王忠诚教授、赵雅度教授都曾在同仁医院工作和学习过。1958年10月，北京市政府决定将同仁医院的神经外科全部迁到以神经外科为中心的宣武医院。

耳鼻咽喉科研究所成立。设有解剖、生理、生化、组织化学和微生物5个研究室，所长是中国耳科学鼻祖、著名耳鼻咽喉科专家刘瑞华教授。他系统收集制作解剖标本，绘制出我国第一部《耳鼻咽喉科解剖图谱》，享誉国内外。撰写的《耳科学》为中国人编著的第一部耳科专业参考书。

眼科专家张晓楼、张淑芳还担任了毛泽东主席的医疗保健任务。一次张晓楼对毛主席提到同仁医院环境拥挤，看病难等情况时，毛主席曾风趣地说道：“你这个小楼该盖大楼了！”

文化大革命开始后医院更名为“北京市工农兵医院”

纵观同仁医院百余年的发展历史，无论时代风云如何变化，客观条件如何艰难，同仁医院的大门不曾关闭过一天。全院职工怀着对工作的热情，坚守岗位，使日常的医疗工作得以继续进行。

唐山发生大地震，全院职工投入抗震救灾工作，抢救灾区伤员750人次，其中住院治疗370人次，进行较大手术94人次。

镶嵌着“北京同仁医院”六个大字的牌子被封存了13年之后，重新悬挂在医院的大门口。尽管牌子上的字迹几经磨损，尽管世事的变迁使它布满伤痕，但是，它骄傲地向人们展示着不屈的风采。同时，它以更顽强的生命力昭示着人们：同仁医院进入一个新的历史时期。

耳研所成为北京市科技单位第一家博士后流动点，韩德民为第一位博士后。这些举措，极大地鼓舞了全院医护人员努力钻研专业技术的积极性。1991年在卫生局首次破格提拔的17名中青年优秀人才中，同仁医院占了5名。

更名为“首都医科大学附属北京同仁医院”

1999年12月29日  医院注册并使用于医疗服务上的“同仁”商标被国家工商行政管理商标局认定为驰名商标。