百年的积累与发展，同仁眼科已经形成了具有深远影响的金色招牌，在百年传统的基础上，整合优势资源，组建了“北京同仁眼科中心”，作为教育部批准的“国家重点学科”，承担着眼科学学科建设任务。眼科中心设有综合办公室，负责行政事务管理和协调工作;中心下设五个分支机构：眼科临床部、眼科研究所、眼库、防盲办公室、眼科诊疗设备工程研究中心。眼科临床部共包括眼角膜科、青光眼科、眼底科、眼肌科、眼外伤科、眼整形科、白内障中心、视光中心、眼肿瘤科、眼中医科及临床检查中心共11个专科(专业组)。眼科研究所设置行政部、基础部和应用基础部。眼科中心是国家卫生计生委临床重点专科、教育部国家重点学科、国家中医药管理局中医药重点学科，包括眼科临床部、眼科研究所、防盲指导办公室、眼库。是国家高级生命科学与技术人才培养基地，国家眼科诊断与治疗工程技术研究中心，中国视觉障碍资源中心，国家眼科创新药物研究与评估中心，世界卫生组织防盲合作中心，全国防盲技术指导组组长单位、国际防盲协会中国委员会。设有首都医科大学眼科学院，北京市重点实验室眼科与视觉科学。现拥有专业技术人员470人，其中高级职称193人;拥有博士生导师12人，硕士生导师35人;开放病床410张。中心成立以来，共获得省部级以上科技成果31项;发表专业学术论文1718篇。
在社会各方力量的关怀和帮助下，经过数代人的努力，同仁眼科打造一支结构合理的学术骨干队伍;保持传统的医疗优势;不断改进教学工作;稳步提高科研水平并已在学术界中产生重要影响，在国内眼科学界长期占据举足轻重的地位，并在国际上享有一定的影响力。
同仁眼科中心自组建以来一直将学科发展和学科条件平台建设作为工作重心，经过近十年的努力，取得了飞跃式的发展。2003年11月，在首都医科大学指导下，由同仁眼科中心牵头，联合首医各附属医院的眼科，共同组建了“首都医科大学眼科学院”，履行眼科学学科建设和人才培养及社会服务职能。2006年组建了“北京市眼科学与视觉科学重点实验室”，承担着眼科学科研平台建设职责。2010年，依托于国家大型科技专项，组建了“国家眼科创新药物研究与评估中心”，成为眼科药物开发领域第一家国家级创新药物的GCP评估平台。2011年1月，经科技部审核认定，组建了“国家眼科诊断与治疗设备工程研究中心”，成为国内唯一一家以临床学科为依托单位的工程技术研究中心，目的是建设以研究眼科诊疗设备工程的核心共性技术为主旨的转化医学工程中心，为眼科学“产学研”一体化的发展战略奠定了基础。
