北京市眼科研究所创建于1959年，依托于首都医科大学附属北京同仁医院，是全国第一家临床与基础理论研究相结合的眼科专业研究所；面向社会，为广大人民群众服务，致力于改善视觉损害患者的生活质量，始终坚持传承与创新的发展理念，是研究所一贯的服务宗旨和发展理念。
北京市眼科研究所有辉煌的历史。早在上世纪50年代，北京生物制品研究所汤飞凡教授与北京市眼科研究所张晓楼教授合作，在国际上首次成功分离出沙眼衣原体，解决了世界眼科界长期未能确定的沙眼病原问题，成为1957年度世界科学十大贡献之一。其后，张晓楼教授领导的全国性沙眼调查及沙眼防治工作取得突出成绩，汤飞凡与张晓楼教授因而被世界卫生组织授予"国际金质奖章"。
自1988年起，眼科研究所先后被确定为世界卫生组织中国防盲合作中心、全国防盲技术指导组组长单位，设立全国防盲办及北京市防盲办。研究所负责编辑出版《国际眼科纵览》(原名《国外医学眼科学分册》)、《眼科》两本国家级专业眼科杂志。2021年，医院获批建设国家眼科医疗质量控制中心(办公室设在研究所)，承担我国眼科医疗质量控制和改进工作，以提高我国全民眼健康水平。通过制订临床指南、质控方案、质控指标等，结合利用国家医院质量监测系统、全国眼科联盟等全国性平台，全面调查和提升我国医疗机构眼科医疗能力与质量，研究并制订改善提高临床医疗质量的卫生政策和手段等，观察并评价其效果，定期向全国发布质控结果；与此同时，研究所积极地参与国家卫生政策、行业管理制度等文件的制定和执行。多年来，北京市眼科研究所在角膜病、青光眼、白内障、眼底病、眼肿瘤、眼遗传等诸多领域成就非凡，多次获国家级和省部级科技进步奖及国家发明专利。
六十余年风雨兼程，研究所在科学研究、成果转化、人才培养、学术交流等各方面取得了重大成就，已成为国内外眼科界具有重要国际影响的眼科研究机构。北京市眼科研究所获批眼科学国家重点学科、卫生部临床重点专科、国家眼科诊断与治疗设备工程技术研究中心、眼科诊疗设备与材料教育部工程研究中心和眼科学与视觉科学北京市重点实验室；同时，也是中华医学会眼科分会前任主任委员、北京眼科学会主任委员、国际防盲协会中国委员会主席、亚太眼科学会前任主席、亚非眼科学会理事、国际眼科理事会常务委员、世界青光眼联合会常务理事、中国眼科遗传联盟常务理事及中国高度近视研究联盟主席所在单位。
研究所现有职工70余人，其中正高职称13人，副高职称14人，中级职称29人，47人具有博士学位。拥有中国医学科学院学部委员1人，国际眼科学院院士1人，北京学者1人，国家杰青1人、优青2人，青年北京学者人2人，青年长江学者1人，国家百千万工程人才4人。
研究所设有博士后流动站、博士及硕士研究生教学点，现任博士生导师6人，硕士生导师11人。先后培养博士后十余人，博士、硕士研究生百余人。
2020年以来，研究所实行PI制管理。现有6个PI研究团队，分别是：以金子兵教授为PI的视网膜再生治疗研究团队，以侯胜平教授为PI的免疫眼病治疗研究团队，以王宁利教授为PI的视神经再生研究团队，以接英教授为PI的角膜再生研究团队，以梁庆丰教授为PI的感染性眼病治疗研究团队，以李杨教授为PI的遗传性眼病研究团队。
北京市眼科研究所定位：紧密结合国家“四个面向”和北京市“四个中心”战略布局的需要，围绕重大眼科临床治疗或诊断开展应用基础研究，旨在解决临床眼科疾病与公共卫生重大难题，突破防、诊、治等重大基础与瓶颈技术应用基础研究，建设临床与科研相结合的一流眼科医学研究中心。
北京市眼科研究所将以提高科研质量，重视科研的临床应用研究、营造良好的学习与科研环境为目标，与各位眼科同仁携手并肩，为发展我国的眼科事业，为了人类的光明而探索奋斗。
